Сюжет игры следует сюжету одноимённых книги и фильма.

Игра начинается с разговора Дадли и его друзей с Гарри Поттером, полностью повторяющего диалог из фильма. Первой возможностью управлять персонажем является битва Гарри с дементорами в тоннеле.

Далее Гарри попадает на Площадь Гриммо, 12. Здесь он помогает Джинни и Гермионе в уборке дома и вещей Рона, а Сириус Блэк напоминает ему, как действуют заклинания Депульсо, Вингардиум Левиоса, Репаро и Акцио (данный эпизод призван обучить игрока принципам колдовства в игре).

После всех сборов Гарри едет в Министерство магии на слушание дела о неправомерном использовании колдовства (попытка спасти Дадли от неожиданно и непонятным образом появившихся дементоров привела к тому, что Гарри прислали повестку о незаконном применении магии, несмотря на то, что магия была применена в целях самообороны).

Следующий эпизод переносит игрока в Хогвартс — основное место действия игры. Хогвартс предлагает множество второстепенных заданий и основные, сюжетные задания: для начала Гарри собирает Отряд Дамблдора — необходимо разыскать каждого члена отряда, причём периодически задание разветвляется, предлагая выполнить в разном порядке несколько поручений членов Отряда; нужно помочь братьям Уизли спрятать хлопушки (готовится бунт в школе против Долорес Амбридж, нового школьного инспектора), поймать сову для Чжоу, выкрасть зелье из кабинета Амбридж, накормить Фестралов, поставить на место все кубки в зале наград и починить витрины, спасти одну из учениц от слизеринцев.

По мере прихода в Выручай-комнату найденных членов ОД, Гарри с помощью Гермионы преподаёт защиту от тёмных искусств, обучая членов Отряда новым заклинаниям. Некоторые новые заклинания Гарри узнает от Фреда и Джорджа Уизли, на одной из площадок у замка, после нескольких попыток там же происходит сражение со слизеринцами.

После сна Гарри, в котором он видит нападение на отца Рона, возникает необходимость в тренировке навыков окклюменции — уроки по защите сознания преподает Северус Снегг. Кроме того, в одном из последующих эпизодов игры Гарри отправляется встречать Рождество к Сириусу; в доме Блэков игроку нужно будет выполнить несколько заданий, включая уборку дома перед рождеством (Гарри вместе с Джинни находит пропавшие вещи и узнаёт про семью Сириуса).

После возвращения от Сириуса, в Выручай-комнате Гарри показывает членам ОД заклинание патронуса, и в этот же момент Амбридж взрывает стену. Амбридж усиливает власть над замком, Альбус Дамблдор внезапно исчезает, а далее сюжет игры приводит к хижине Хагрида, которую поджигают Драко Малфой с компанией слизеринцев. После потасовки со слизеринцами Гарри помогает друзьям в организации бунта против Амбридж — при помощи приспособлений, приготовленных близнецами Уизли, Гарри, Рон, Гермиона, Полумна и другие члены ОД вредят Амбридж: разворачивают портативные болота, уничтожают громкоговорители, переправляют фокусы Уизли из совятника, ломают часы... Управляя братьями Уизли, игрок взрывает фейерверки на территории замка.

После взрыва самой большой хлопушки, следуя сюжету фильма Гарри видит, как Волан-де-Морт пытает Сириуса и вместе с друзьями спешит в министерство Магии. Здесь предоставляется возможность управлять Сириусом Блэком во время схватки с Беллатрисой Лестрейндж и Люциусом Малфоем. После смерти крёстного Гарри бежит за Беллатрисой и встречает Волан-де-Морта, но тут появляется Дамблдор, за которого предстоит играть.

После окончания сюжетной линии игра вновь переносится в Хогвартс — Гарри помогает Полумне собрать вещи (которые украли слизеринцы и разбросали по замку), выполняет второстепенные задания.